A KEP egy kiterjedt funkcionalitású, elektronikus fizetési-és elszámoló szolgáltató rendszer, mely kétirányú elektronikus kommunikációt valósít meg a közigazgatási szervek igazgatási és pénzügyi folyamatai, valamint a pénzintézeti folyamatok között. A jogszabályi előírásoknak megfelelően támogatja az illetékek, díjak, bírságok, stb. fizetésének előkészítését, a fizetések tételes ellenőrzését, számviteli előírásoknak megfelelő bizonylatolását, az illetékek, díjak, bírságok, stb. elszámolását, megfelelő kedvezményezetti bankszámlákra történő irányítását, az eltérések (többletek, hiányok) kezelését.
 
Azok a szervezetek, amelyek a központi elektronikus fizetési és elszámolási rendszerhez csatlakoznak, a KEP használatával biztosíthatják ügyfeleik számára a készpénzátutalási megbízás, készpénz, POS terminál, mobil POS terminál, VPOS, házibanki, mobilbanki fizetési módokat úgy, hogy közben saját rendszereikhez szabványos interfészen keresztül biztosított a kommunikáció. Az elektronikus fizetési és elszámolás rendszerhez nem csatlakozó szervek esetében a hagyományos fizetési módokon kívül a rendszer a bankkártyás fizetést támogatja.